Thunderbird peut effacer automatiquement les messages qui ont plus de x jours. Vous pouvez régler cela par le menu Outils, Paramètres des comptes, Espace disque.

Mais on oublie souvent que cette fonction peut également s'appliquer aux dossiers, au lieu de la totalité des comptes email. Pour cela, faites un clic droit sur le dossier à paramétrer, demandez les propriétés. Puis, dans l'onglet "règles de conservation", vous pouvez définir un nombre de mails à conserver, ou une date butoir.